با توجه به اینکه دبیرستان علوم و معارف اسلامی از جمله دبیرستان‌های خاص بوده و اهداف آموزشی و تربیتی ویژه‌ای را برای دستیابی به نتایج مطلوب آموزشی و تربیتی در حوزه دین دنبال می‌نماید، هر سال براساس زمانبندی، نسبت به ثبت‌نام اولیه دانش‌آموزان از طریق برگزاری آزمون علمی، مصاحبه در سطح اطلاعات عمومی اقدام به جذب دانش‌آموز می‌نماید.
دانش‌آموزان پایه ششم و نهم که معدل آنها 18 به بالا و نمره انضباط آنها 20 باشد می‌توانند طبق زمانبندی با مراجعه به دبیرستان‌های معارف اسلامی و پس از احراز شرایط دستورالعمل‌های مربوطه نسبت به ثبت‌نام اقدام نمایند:
دستورالعمل آزمون ورودی و مصاحبه‌ی داوطلبان ثبت‌نام در پایه هفتم دوره‌ی متوسطه‌ی اول
يكي از تأثيرگذارترين عوامل در موفقيت آموزشي و تربيتي دانش‌آموزان در مدرسه مسئله «جذب و گزينش دانش‌آموزان به صورت هماهنگ» است. آيين‌نامه «آزمون ورودي، مصاحبه و گزينش هماهنگ» در دوره اول متوسطه به شرح ذيل خواهد بود:
1ـ ثبت‌نام دانش‌آموزان در پايه هفتم (سال اول دوره اول متوسطه) تنها از طريق برگزاری آزمون ورودي و انجام مصاحبه با دانش‌آموز و اولياي وي امكان‌پذير است.
2- به منظور شناسایی و جذب دانش‌آموزان مستعد، آزمون ورودی در سطح استان به صورت هماهنگ برگزار خواهد شد و تاریخ برگزاری آزمون توسط اداره‌کل تبلیغات اسلامی استان با هماهنگی مدیران مدارس صدرای هر استان تعیین می‌شود.
3- آزمون علمی شامل پنجاه سئوال چهارگزینه‌ای از پنج درس پیام‌های آسمان، ادبیات فارسی، ریاضی، علوم‌تجربی و مطالعات اجتماعی پایه ششم دوره ابتدایی است و سئوالات آزمون توسط سازمان مدارس طراحی و در سامانه تجمیع اطلاعات سازمان قرار می‌گیرد.
4- شرط پيش ثبت‌نام جهت شركت در آزمون ورودی، دارا بودن حداقل معدل 18 و نمره انضباط عالي در پايه ششم است.
5- دانش‌آموزاني مجاز به شركت در مصاحبه و گزينش خواهند بود كه حداقل 60 درصد نمره‌ی آزمون علمي را كسب نمایند.
6- چنانچه تعداد داوطلبان و پذيرفته شدگان در آزمون از فراواني بالايي برخوردار باشد، مدير محترم با توجه به بالاترين نمرات آزمون، اقدام به دعوت اولیاء و دانش‌آموز براي مصاحبه مي‌نمايد.
7- مدارس دوره اول متوسطه، تنها مجاز به تشکیل يك كلاس با ظرفيت حداکثر25 نفر در پايه هفتم (سال اول دوره اول متوسطه) هستند.
8- در موارد خاص، داير نمودن دو كلاس در پايه هفتم يا هشتم صرفاً با مجوز سازمان مدارس امكان‌پذير خواهد بود.
9- پس از برگزاري آزمون ورودي، از دانش‌آموزان برگزیده و اولیاء (پدر و مادر) براي شرکت در مصاحبه حضوری دعوت به عمل آید. فرم‌هاي مصاحبه ویژه‌ی اولياء و دانش‌آموز به انضمام سئوالات آزمون در قسمت بخشنامه های سامانه ی تجمیع اطلاعات سازمان قرار می گیرد.
10- براي انجام مصاحبه از كارشناسان مجرب و مشاوران كارآزموده آموزش و پرورش استفاده می‌شود.
11- پس از ارزيابي آزمون ورودي و مصاحبه از دانش‌آموزان، نتايج ثبت‌نام در اسرع‌وقت به اطلاع شرکت‌کنندگان می‌رسد.
12- فرآیند اجرای آزمون، مصاحبه‌ها، برنامه‌ریزی اجرایی، جمع‌بندی فعالیت‌ها و . . . توسط گروهی متشکل از افراد زیر انجام خواهد شد:
الف) مدیر مدرسه
ب) مربی پرورشی یا دبیر معارف
ج) یکی از معاونین مدرسه
د) نماینده تبلیغات اسلامی استان یا شهرستان
13- مدارسي كه در سال تحصيلي 95-1394 تأسيس شده‌اند، موظفند براي ثبت‌نام در پایه هشتم در سال تحصیلی 95-94 صرفاً از دانش‌آموزانی که در پایه هفتم دارای حداقل معدل 18 و انضباط عالي بوده و از صلاحیت علمی و اخلاقی بالاتر برخوردارند ثبت نام بعمل آورند.
14- موارد خاص و پیش بینی نشده در این دستورالعمل از طریق تماس یا مکاتبه با سازمان مدارس معارف اسلامی تعیین تکلیف خواهد شد.
دستورالعمل آزمون ورودی و مصاحبه‌ی داوطلبان ثبت‌نام در پایه دهم دوره‌ی متوسطه دوم
يكي از تأثيرگذارترين عوامل در موفقيت آموزشي و اخلاقي دانش‌آموزان در مدارس صدرا ، مساله «جذب و گزينش دانش‌آموزان به صورت هم‌آهنگ» است. آيين‌نامه «آزمون ورودي، مصاحبه و گزينش هماهنگ» در پايه دهم دوره دوم متوسطه به شرح ذيل خواهد بود:
1ـ ثبت‌نام دانش‌آموزان در پايه دهم دوره دوم متوسطه تنها از طريق برگزاری آزمون ورودي و انجام مصاحبه با دانش‌آموز و اولياي وي امكان‌پذير است.
2- به منظور شناسايي و جذب دانش‌آموزان مستعد، آزمون ورودي در سطح استان بصورت هماهنگ برگزار مي‌گردد و تاریخ برگزاری آزمون توسط اداره‌کل تبلیغات اسلامی استان با هماهنگی مدیران مدارس صدرا تعیین می‌شود.
3- آزمون علمي شامل هفتادو پنج پرسش چهار گزينه‌اي از پنج درس معارف اسلامی، عربي، زبان انگليسي، زبان و ادبيات فارسي و رياضي پایه نهم (دوره اول متوسطه) است. سئوالات اين آزمون توسط سازمان مدارس طراحي و در سامانه‌ی تجمیع اطلاعات سازمان قرار می‌گیرد.
4- شرط ثبت‌نام اوليه جهت شركت در آزمون ورودی، دارا بودن حداقل معدل 18 و نمره انضباط 20 در نوبت اول پايه نهم است.
5- دانش‌آموزاني مجاز به شركت در مصاحبه و گزينش خواهند بود كه حداقل 60 درصد نمره‌ی آزمون علمي را كسب نمایند.
6- چنانچه تعداد داوطلبان و پذيرفته شدگان در آزمون از فراواني بالايي برخوردار باشد، مدير محترم با توجه به بالاترين نمرات آزمون، اقدام به دعوت اولیاء و دانش‌آموز براي مصاحبه مي‌نمايد.
7- مدارس دوره‌ی دوم متوسطه، تنها مجاز به تشکیل يك كلاس با ظرفيت حداکثر25 نفر در پايه دهم دبيرستان است و در موارد خاص، داير نمودن دو كلاس در این پايه صرفاً با مجوز سازمان مدارس امكان‌پذير خواهد بود.
8- پس از برگزاري آزمون ورودي، از دانش‌آموزان برگزیده و اولیای وی براي شرکت در جلسه توجیهی نسبت به رشته معارف اسلامی و انجام مصاحبه حضوری دعوت به عمل می‌آید. فرم‌هاي مصاحبه شماره(1) و (2) ویژه‌ی دانش آموزان و اوليا به انضمام سوالات آزمون در قسمت بخشنامه های سامانه ی تجمیع اطلاعات سازمان قرار می گیرد. سئوالات آزمون در سطح کشور مشترک است.
9- براي انجام مصاحبه از كارشناسان مجرب و مشاوران كارآزموده آموزش و پرورش استفاده می‌شود.
10- فرآیند اجرای آزمون، مصاحبه‌ها، برنامه‌ریزی اجرایی، جمع‌بندی فعالیت‌ها و . . . توسط گروهی متشکل از افراد زیر انجام خواهد شد.
الف) مدیر مدرسه
ب) مربی پرورشی یا دبیر معارف اسلامی
ج) یکی از معاونین مدرسه
د) نماینده تبلیغات اسلامی استان یا شهرستان
11- پس از ارزيابي آزمون ورودي و مصاحبه از دانش‌آموزان، نتايج ثبت‌نام در اسرع‌وقت به نحو مقتضی به اطلاع شرکت‌کنندگان می‌رسد.
12- ثبت‌نام ميان‌پايه‌ي دانش‌آموزان در پايه سوم و پيش‌دانشگاهي در رشته علوم و معارف اسلامي مجاز نیست.
13- کلیه‌ی مراحل پیش‌ثبت‌نام، آزمون، مصاحبه و . . . ثبت و ضبط می‌شود.
14- مدیران محترم مدارس پس از پایان روند ثبت‌نام از دانش‌آموزان نسبت به تکمیل و ارسال فرم گزارش ثبت‌نام در قسمت فرم‌های سامانه تجمیع اطلاعات اقدام می‌نمایند.
* موارد خاص و پیش‌بینی نشده در این دستورالعمل از طریق تماس یا مکاتبه با سازمان مدارس معارف اسلامی تعیین تکلیف می‌شود.