دانش‌آموزان مدارس علوم و معارف اسلامی پس از دریافت دیپلم و پایان دوره پیش‌دانشگاهی (براساس نظام قدیم) یا پایه دوازدهم نظام جدید در زیرمجموعه کنکور سراسری ادبیات و علوم انسانی شرکت نموده و پس از قبولی با توجه به رتبه‌ای که کسب نموده‌اند می‌توانند از میان تمامی رشته‌های زیرمجموعه ادبیات و علوم انسانی انتخاب رشته نموده و ادامه‌تحصیل دهند

دانش‌آموزان مدارس علوم و معارف اسلامی پس از دریافت دیپلم یا ترجیحاً مقطع پیش‌دانشگاهی مي‌توانند در صورت تمايل در آزمون ورودی حوزه‌های علمیه شرکت نمايند.